Er zijn twee universums: de onze, en waarin de Columbia bestaat. De scheiding tussen die twee ontstaat wanneer Booker zich laat dopen voor zijn zondes bij de slachtpartij van Wounded Knee, waarin het Amerikaanse leger het grondgebied van de indianen probeerde te bezetten. Er ontstond een splitsing van twee toestanden (en dus twee universums) waarin Booker zich verkeerde. In de ene ging hij niet door met dopen, waardoor hij Booker bleef zoals hij was. In het andere liet hij zich dopen en werd hij diep religieus en veranderde zijn naam naar Comstock om zo te voorkomen dat mensen hem nog herkende.
In hetzelfde universum waar Booker zijn naam veranderde, leefde een wetenschapper: Rosalind Lutece. Zij bestudeerde quantum wetenschappen en had daarbij succes. Ze wist door een atoom te manipuleren te communiceren met ons universum waar een mannelijke versie van haar leefde: Robert Lutece. Omdat ze altijd al een broer wou hebben, wou ze Robert naar haar universum brengen. Ze had alleen geen geld om haar experimenten door te zetten. Comstock, intussen rijk geworden dankzij zijn invloed onder de conservatieven in het senaat, gaf haar de financiën die ze nodig had om een gat te creëren in ruimte-tijd die toeliet te reizen naar de verschillende universums: de Lutece tear.
In ruil daarvoor gaf ze Comstock de technologie om hem zijn geïsoleerde diep religieuze paradijs te creeren. Namelijk iets wat wij kennen als het
Meissner effect, alleen dan met atomen die krachtig genoeg zijn om een hele stad te dragen. Comstock gebruikte vervolgens de Lutece tear om de toekomst te bekijken en het aan de bevolking te vertellen als voorspellingen, waardoor hij gezien werd als een profeet.
De tears creëerde echter enorm veel straling, waardoor Comstock steriel werd. Hij moest een kind hebben aangezien hij snel zou sterven aan kanker. Dit is ook de reden waarom hij er zo oud uitziet. Zijn oplossing was de tears. Er was een universum waarin hij nog Booker was, en die had een gokverslaving en een dochter: Anna.
In ruil voor zijn gokschulden, verkocht Booker Anna aan Robert Lutece. Maar hij kreeg er spijt van en probeerde Comstock tegen te houden voordat hij door de tear naar zijn eigen universum stapte. Tijdens de worsteling, raakte de pink van Anna verstrengelt in de tear, waardoor ze dus in principe in het geheel bestond in twee verschillende universums tegelijkertijd. Dit gaf haar enorme krachten. Comstock veranderde de naam van Anna naar Elizabeth.
Booker, die nog steeds spijt had van de keuze, kreeg van Robert en Rosalind Lutece een tweede kans. Hij zou Anna terugbrengen naar haar oorspronkelijke universum. Comstock stond op het punt Elizabeth/Anna zo de indoctrineren dat ze haar krachten zou gebruiken om de hele wereld te onderwerpen aan hun geloof. Robert Lutece overtuigde Rosalind dat ze alles moeten proberen om dit te stoppen. Dus huurde ze Booker in. Het voor het eerst springen door een tear zorgt er echter voor dat je geheugen kwijt raakt en valse herinneringen begint aan te maken.
Rosland en Robert Lutece zie je telkens overal verschijnen en verdwijnen. Dat komt doordat Comstock ze heeft proberen te vermoorden aangezien hij achter hun complot kwam om hem te stoppen. Hij blies echter de tear machine op waar ze inzaten, waardoor ze verspreid zijn over alle universums. Ze zijn te dun verspreid om zelf veel uit te halen (zoals Elizabeth dat wel kan), maar ze kunnen nog wel in elk universum verschijnen en verdwijnen.
Op het eind komt Booker en Elizabeth voor een moeilijke keuze te staan. Aangezien bij elke kleine variatie er een nieuw universum ontstaat, bestaan er dus duizenden versies van Comstock. Ze moeten het stoppen bij de bron, namelijk bij Booker's doping. De enige optie is Booker te laten verdrinken.
